Júlio César somente teria uma chance novamente de atuar pelo Timão em 2008 após a saída de Marcelo, aliada a lesão do goleiro titular, Felipe, ele participou de jogos do campeonato paulista contra Ponte Preta e Palmeiras, com boas atuações. Com as falhas do goleiro Felipe na final da Copa do Brasil, Júlio César ganhou a posição de goleiro titular da equipe, durante alguns jogos da Série B. No dia 21 de junho de 2008, no jogo contra a Ponte Preta, Júlio César pega um penalti, cobrado por Luiz Ricardo. Curiosamente, o mesmo Luiz Ricardo quem o goleiro havia pegado outro penalti em 2004, quando ambos ainda estavam nas categorias de base. Mesmo com suas boas atuações, Júlio César voltou a posição de goleiro reserva com a volta de Felipe ao gol do Corinthians.
Em 2010, após discussões com o presidente do clube, o goleiro Felipe deixa o Corinthians para jogar na Europa, e após anos de espera, Júlio César finalmente consegue a titularidade, temporariamente, enquanto o Corinthians buscava outro goleiro. Após jogar a Copa do Mundo de 2010 como reserva da Seleção Paraguaia, Aldo Bobadilla foi contratado pelo Corinthians, este porém, nem chegou a atuar com a camisa do clube, Júlio César vivia o melhor momento de sua carreira, fazendo grandes defesas e conseguindo a titularidade definitiva.
Em 2011, apesar de criticado pela torcida devido após falhar na final do Campeonato Paulista e sofrer o centésimo gol de Rogério Ceni, goleiro do rival São Paulo, Júlio César viveu um episódio que para sempre ficará marcado na memória dos torcedores corintianos. No dia 20 de julho de 2011, no jogo entre Botafogo x Corinthians válido pela 10° rodada do Campeonato Brasileiro de 2011, Júlio César sofreu uma grave fratura exposta no dedo mínimo de sua mão esquerda, e continuou no jogo sabendo que o Corinthians já havia feito suas 3 substituições. Então seria a grande chance do goleiro Renan jogar e quem sabe tomar a vaga de titular de Júlio, mas Renan tem péssimas atuações nos seus 3 primeiros jogos e perde a vaga para o terceiro goleiro, Danilo Fernandes. Depois de recuperado Júlio César retorna a posição de titular.
No dia 12 de outubro de 2011, Júlio César entrou em campo pela centésima vez defendendo o Corinthians, e foi homenageado, recebeu a camisa de número 100. O Corinthians acabou perdendo a partida por 2 a 0, diante do Botafogo, no Pacaembu. Júlio César superou as críticas sofridas por parte da torcida, e terminou o ano de 2011 como o melhor de sua carreira, até então, firmado como titular absoluto, ajudou a equipe a conquistar o Campeonato Brasileiro de 2011.
Terminou o ano de 2011 com um total de 109 partidas disputadas pelo Corinthians em toda sua carreira.
No ano de 2012, em uma partida válida pelas quartas de final do Campeonato Paulista, o Corinthians foi eliminado pela Ponte Preta e Júlio César falhou em dois dos três gols sofridos sendo muito cobrado, e foi barrado pelo técnico Tite do time titular do Timão. Assim a chance do antes 3º goleiro Cássio de agarrar a posição logo num jogo contra o Emelec nas oitavas de final da Libertadores deste ano. E Cássio jogou muito bem tanto que ficou com a posição de titular. Bastou a Júlio César se contentar em revezar com Danilo Fernandes pela reserva.
Em 21 de janeiro de 2013, depois de ser hostilizado e ironizado por corintianos via Twitter pelo gol sofrido diante do Paulista de Jundiaí, na estreia do Paulistão, Júlio César deletou seu perfil (@julioc_goleiro) na rede social.
No dia 22 de dezembro de 2016 é anunciado como novo reforço do Santa Cruz para a temporada 2017.
Em 18 de dezembro de 2017, o Red Bull Brasil hoje Red Bull Bragantino anunciou a contratação de Júlio César. O contrato do atleta vale até o fim do Campeonato Paulista de 2018. Júlio fez parte da equipe de Bragança, além de ter sido fundamental na conquista do Campeonato Brasileiro da Série B em 2019. Em 13 de novembro de 2022, Júlio César anunciou sua aposentadoria nas redes sociais. Aos 38 anos. Pelo Bragantino o goleiro entrou em campo em 68 partidas.
Júlio César, jogou ao todo em sua carreira 342 vezes e sofreu 131 gols; Disputou varias competições entre elas, Brasileiro da Série A e Série B. Copa Sul-Americana, Copa Libertadores e Recopa Sul-Americana. jogos também, Campeonato Paulista, Pernambucano, Copa do Nordeste e Copa do Mundo de Clubes FIFA.

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